當(dāng)前不很多公司在考慮注冊分公司，用于進一步拓展市場或開展公司尚未涉及的業(yè)務(wù)，設(shè)立分公司對于公司的好處不言而喻，但其存在的潛在風(fēng)險也需要留意。
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合同管理風(fēng)險
合同管理風(fēng)險主要包括兩個方面，一是合同簽署風(fēng)險，二是合同履約控制的風(fēng)險。
分公司作為總公司的代理人，應(yīng)當(dāng)在總公司授權(quán)范圍內(nèi)所進行的經(jīng)營合同。如果總公司的授權(quán)范圍模糊，分公司與第三方簽署合同（保證合同除外），即便違反總公司的真實意思，合同導(dǎo)致的民事后果也要由總公司承擔(dān)。
由于許多大型企業(yè)的分公司分布于全國各地甚至世界各地，分公司簽署合同后，通常還繼續(xù)負(fù)責(zé)合同的履行，由于總公司對于異地分公司的控制相對松散，如果履行過程中出現(xiàn)糾紛，卻未能及時處理，極有可能導(dǎo)致合同爭議和糾紛的出現(xiàn)。
另外在實際工作的過程中，分公司很有可能會出現(xiàn)沒有做好合同交底和合同履約的監(jiān)督工作的情況，繼而引發(fā)違約風(fēng)險。
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管理人員濫用職權(quán)侵犯公司利益
分公司的運作一般相對獨立且擁有更高的權(quán)限，掌握更多的資源，總部主要關(guān)注分公司的經(jīng)營業(yè)績，忽視對于分公司管理人員的監(jiān)督和管理，往往容易產(chǎn)生分公司管理人員濫用職權(quán)侵犯公司利益的風(fēng)險，常見風(fēng)險有：
Ø 管理人員泄露、出售所持有的公司客戶信息或公司經(jīng)營秘密，獲取不正當(dāng)利益；
Ø 管理人員自營或幫助他人經(jīng)營與分公司或總公司相同或類似業(yè)務(wù)，給總公司造成損失；
Ø 侵吞分公司財產(chǎn)和資金。
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抵押擔(dān)保風(fēng)險
Ø 分公司未經(jīng)總公司書面授權(quán)提供保證的保證合同無效。因此給債權(quán)人造成損失的，分公司應(yīng)當(dāng)根據(jù)其過錯承擔(dān)相應(yīng)的民事責(zé)任；
Ø 分公司經(jīng)總公司書面授權(quán)提供保證的如果總公司的書面授權(quán)范圍不明，分公司應(yīng)當(dāng)對保證合同約定的全部債務(wù)承擔(dān)保證責(zé)任。分公司經(jīng)營管理的財產(chǎn)不足以承擔(dān)保證責(zé)任的，由總公司承擔(dān)民事責(zé)任。
雖然在法律上來說，一旦在抵押擔(dān)保上出現(xiàn)風(fēng)險，由分公司經(jīng)營管理的財產(chǎn)承擔(dān)相應(yīng)的責(zé)任，但是從根本上來說，分公司并沒有獨立的資產(chǎn)，責(zé)任最終還是需要總部承擔(dān)。
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其他風(fēng)險
分公司對外經(jīng)營都會打著總部的名義，一旦發(fā)生些不好的事情很容易給總部的品牌形象、信譽等抹黑，這樣就會導(dǎo)致很多其他衍生法律風(fēng)險的發(fā)生。
母公司被認(rèn)定為濫用有限責(zé)任。實踐中，有的企業(yè)設(shè)立子公司的目的就是作為母公司對外生產(chǎn)、經(jīng)營、投資的一個"擋箭牌"，子公司完全由母公司在背后操控， 子公司只是一個"空殼"，盈利歸屬母公司或母公司參與分紅，虧損則由子公司以其有限資產(chǎn)(大多數(shù)的情況就是注冊資本)承擔(dān)有限責(zé)任。法律對這種情況進行了 規(guī)制，如果企業(yè)出現(xiàn)違法情況，就可能面臨被"揭開公司面紗"，母公司對子公司的債務(wù)同樣需承擔(dān)責(zé)任。
分公司是指在業(yè)務(wù)、資金、人事等方面受本公司管轄而不具有法人資格的分支機構(gòu)。由于分公司不具有法人資格，其在經(jīng)營期間所發(fā)生的債權(quán)債務(wù)關(guān)系都歸屬于總公司，這在客觀上增加了總公司的法律風(fēng)險。